يُحضر وعاء كبير من الماء المملح قليلاً ليغلي. تُطهى معكرونة الرغاتوني في الماء المغلي مع التحريك من حين لآخر حتى تصبح مطبوخة جيدًا ولكنها متماسكة عند اللمس، حوالي 13 دقيقة. ثم تُصفى.

سخني الزيت النباتي في مقلاة على نار متوسطة. يُطهى ويُقلب البصل والثوم حتى يصبح البصل طريًا، حوالي 5 دقائق. يُضاف الكوسا، الكوسة الصفراء، الفلفل الحلو والفطر؛ يستمر الطهي والتقليب حتى تصبح الخضروات طرية، حوالي 5 دقائق إضافية. تُسكب الطماطم المهروسة في المقلاة وتُتبل بالأوريجانو، الريحان، رقائق الفلفل الأحمر، الملح والفلفل الأسود؛ تُترك لتغلي بهدوء.