Préchauffez le four à 375 degrés F (190 degrés C).

Dans un moule à tarte profond de 9 pouces, combinez les noix de pécan, le sucre brun et la margarine; étalez en une seule couche. Étalez la pâte et placez la croûte inférieure sur le mélange de noix de pécan.

Dans un grand bol, combinez les pommes, le sucre, la farine, la cannelle et la muscade. Versez dans la croûte dans le moule. Couvrez avec la deuxième croûte. Repliez les bords de la croûte et froncez pour sceller les bords. Faites plusieurs petites incisions sur le dessus pour permettre à la vapeur de s'échapper.

Placez le moule sur du papier d'aluminium ou une plaque à biscuits pendant la cuisson pour éviter les débordements. Cuire au four préchauffé pendant 40 à 50 minutes, ou jusqu'à ce que la croûte soit dorée et que les pommes soient tendres.