Mélangez l'eau tiède, la farine de blé entier et la levure dans un petit bol. Laissez reposer jusqu'à ce que la levure ramollisse et commence à mousser et à faire des bulles, environ 10 minutes.

Dans un grand bol, mélangez la farine de seigle, la mélasse, le cacao en poudre, l'huile végétale, les granulés de café, les graines de carvi et le sel. Ajoutez le mélange de levure et la farine tout usage. Pétrissez la pâte sur une surface farinée jusqu'à ce qu'elle soit lisse et élastique, environ 10 minutes. Graissez un grand bol.

Transférez la pâte dans le bol graissé; couvrez d'un torchon humide chaud ou de film plastique. Laissez lever dans un endroit chaud jusqu'à ce que la taille ait doublé, environ 1 heure.

Préchauffez le four à 450 degrés F (230 degrés C). Graissez une plaque à biscuits.

Portez l'eau à ébullition dans une grande casserole. Divisez la pâte en 13 morceaux; formez des boules. Appuyez au centre de chaque boule de pâte; étirez la pâte pour former un trou de 1 pouce au centre, en gardant la pâte d'une épaisseur d'environ 1/2 pouce. Plongez les cercles de pâte dans l'eau bouillante, 3 ou 4 à la fois. Faites bouillir chaque face pendant 45 secondes. Retirez avec une écumoire et égouttez environ 1 minute. Disposez les bagels bouillis sur la plaque préparée.