Vermischen Sie warmes Wasser, Vollkornmehl und Hefe in einer kleinen Schüssel. Lassen Sie es etwa 10 Minuten ruhen, bis die Hefe weich wird und anfängt zu schäumen.

Mischen Sie Roggenmehl, Melasse, Kakaopulver, Pflanzenöl, Kaffeegranulat, Kümmelsamen und Salz in einer großen Schüssel. Fügen Sie die Hefemischung und das Allzweckmehl hinzu. Legen Sie den Teig auf eine bemehlte Oberfläche; kneten Sie ihn glatt und elastisch, etwa 10 Minuten. Fetten Sie eine große Schüssel ein.

Legen Sie den Teig in die gefettete Schüssel; bedecken Sie ihn mit einem warmen, feuchten Tuch oder Frischhaltefolie. Lassen Sie ihn an einem warmen Ort gehen, bis sich sein Volumen verdoppelt hat, etwa 1 Stunde.

Heizen Sie den Ofen auf 450 Grad Fahrenheit (230 Grad Celsius) vor. Fetten Sie ein Backblech ein.

Bringen Sie Wasser in einem großen Topf zum Kochen. Teilen Sie den Teig in 13 Stücke; formen Sie daraus Bälle. Drücken Sie ein Loch in die Mitte jedes Teigballs; ziehen Sie den Teig so, dass ein 1-Zoll-Loch in der Mitte entsteht, wobei der Teig etwa 1/2 Zoll dick bleibt. Tauchen Sie die Teigkreise nacheinander, 3 oder 4 gleichzeitig, ins kochende Wasser. Kochen Sie jede Seite für 45 Sekunden. Entnehmen Sie sie mit einem Schaumlöffel und lassen Sie sie etwa 1 Minute abtropfen. Legen Sie die gekochten Bagels auf das vorbereitete Backblech.