Campurkan air hangat, tepung gandum utuh, dan ragi dalam mangkuk kecil. Biarkan hingga ragi melunak dan mulai berbusa, sekitar 10 menit.

Campurkan tepung rye, molase, bubuk kakao, minyak sayur, butiran kopi, biji jintan, dan garam dalam mangkuk besar. Tambahkan campuran ragi dan tepung serbaguna. Uleni adonan di permukaan yang sudah ditaburi tepung hingga halus dan elastis, sekitar 10 menit. Olesi mangkuk besar dengan minyak.

Pindahkan adonan ke mangkuk yang telah diolesi; tutup dengan handuk lembap atau bungkus plastik. Biarkan mengembang di tempat hangat sampai ukurannya dua kali lipat, sekitar 1 jam.

Panaskan oven hingga 450 derajat F (230 derajat C). Olesi loyang dengan minyak.

Didihkan air dalam panci besar. Bagi adonan menjadi 13 bagian; bentuk menjadi bola. Tekan lubang di tengah setiap bola adonan; tarik adonan untuk membentuk lubang 1 inci di tengahnya, menjaga ketebalan adonan sekitar 1/2 inci. Masukkan lingkaran adonan ke dalam air mendidih, 3 atau 4 sekaligus. Rebus masing-masing sisi selama 45 detik. Angkat dengan sendok berlubang dan tiriskan selama sekitar 1 menit. Susun bagel yang sudah direbus di atas loyang yang telah disiapkan.