Panaskan wajan besar di atas api sedang-tinggi. Tambahkan daging sapi, bawang bombay, dan bawang putih panggang; masak dan aduk hingga daging sapi berwarna cokelat dan berbutir-butir, sekitar 5 hingga 7 menit. Lanjutkan memasak hingga cairan dari wajan menguap, sekitar 10 menit. Tambahkan tomat potong dadu, pasta tomat, gula, garam, daun salam, oregano, thyme, merica hitam, dan garam bawang putih; didihkan. Kecilkan api menjadi sedang-rendah dan didihkan hingga rasa menyatu, sekitar 30 menit.

Panaskan oven hingga suhu 350°F (175°C).

Isi panci besar dengan air yang diberi sedikit garam dan didihkan. Tambahkan manicotti dan didihkan kembali. Masak manicotti tanpa ditutup, aduk sesekali, hingga empuk namun tetap kenyal saat digigit, sekitar 8 menit. Tiriskan dan dinginkan sebentar.

Campurkan keju cottage, keju mozzarella, 1/4 cangkir keju Parmesan, telur, garam, dan merica hitam dalam mangkuk. Sendokkan jumlah isi keju yang banyak ke dalam setiap kulit manicotti.

Tuangkan cukup saus untuk menutupi dasar loyang ukuran 9x13 inci. Atur manicotti yang sudah diisi di atas saus; tuangkan sisa saus di atas kulitnya. Tutup dengan aluminium foil.