Lleva el agua y la quinoa a ebullición en una olla a fuego alto. Reduce el fuego a medio-bajo, tapa y cocina a fuego lento hasta que la quinoa esté tierna y el agua se haya absorbido, aproximadamente de 15 a 20 minutos. Reserva.

Mientras tanto, calienta el aceite en una olla grande a fuego medio. Agrega la cebolla; cocina y revuelve hasta que la cebolla se ablande y se vuelva translúcida, unos 5 minutos. Añade el ajo, el chile en polvo y el comino; cocina y revuelve durante 1 minuto para liberar los sabores. Incorpora los frijoles negros, los tomates, los pimientos, el calabacín, el chile jalapeño, el chile chipotle y el orégano. Sazona con sal y pimienta. Lleva a ebullición a fuego alto, luego reduce el fuego a medio-bajo, tapa y cocina a fuego lento durante 20 minutos.