Combine el agua tibia, la harina integral y la levadura en un tazón pequeño. Deje reposar hasta que la levadura se ablande y comience a formar espuma y burbujear, aproximadamente 10 minutos.

Mezcle la harina de centeno, la melaza, el cacao en polvo, el aceite vegetal, los gránulos de café, las semillas de alcaravea y la sal en un tazón grande. Agregue la mezcla de levadura y la harina para todo uso. Pase la masa a una superficie enharinada; amase hasta que esté suave y elástica, aproximadamente 10 minutos. Engrase un tazón grande.

Transfiera la masa al tazón engrasado; cúbrala con un paño húmedo y caliente o papel plástico. Deje que suba en un área cálida hasta que duplique su tamaño, aproximadamente 1 hora.

Precaliente el horno a 450 grados F (230 grados C). Engrase una bandeja para hornear.

Hierva agua en una olla grande. Divida la masa en 13 porciones; forme bolas. Presione un agujero en el centro de cada bola de masa; tire de la masa para formar un agujero de 1 pulgada en el centro, manteniendo la masa de aproximadamente 1/2 pulgada de grosor. Coloque los círculos de masa en el agua hirviendo, 3 o 4 a la vez. Hierva cada lado durante 45 segundos. Retire con una espumadera y escurra durante aproximadamente 1 minuto. Coloque los bagels hervidos en la bandeja para hornear preparada.