Pré-aqueça o forno a 375°F (190°C). Em uma assadeira de 9 polegadas, misture os shallots com o azeite. Tempere com sal e pimenta. Asse até que os shallots estejam dourados e macios, mexendo ocasionalmente, por cerca de 30 minutos.

Em uma panela grande, combine caldo de carne e vinho do porto. Deixe ferver e reduza o volume pela metade, por cerca de 30 minutos. Misture a pasta de tomate e reserve.

Seque o filé mignon e tempere com tomilho, sal e pimenta. Em uma assadeira grande no fogão, frite o bacon até dourar. Retire o bacon e doure o filé mignon em todos os lados em fogo médio-alto, por cerca de 7 minutos.

Transfira a assadeira para o forno. Asse o filé até que um termômetro inserido no centro marque 125°F (50°C) para mal passado, por cerca de 25 minutos. Transfira o filé para uma travessa e cubra levemente com papel alumínio.

Retire a gordura dos sucos da assadeira. Deglaceie a assadeira com a mistura de caldo, mexendo para soltar os pedaços dourados. Transfira para uma panela e deixe ferver.

Misture manteiga e farinha para formar uma pasta e adicione à panela para engrossar o molho. Misture os shallots assados e o bacon. Tempere com sal e pimenta.