Portate l'acqua e la quinoa ad ebollizione in una pentola a fuoco alto. Riducete il fuoco a medio-basso, coprite e fate sobbollire finché la quinoa non sarà tenera e l'acqua sarà stata assorbita, per circa 15-20 minuti. Mettete da parte.

Nel frattempo, scaldate l'olio in una pentola capiente a fuoco medio. Aggiungete la cipolla; cuocete e mescolate fino a quando la cipolla si ammorbidisce e diventa traslucida, per circa 5 minuti. Aggiungete l'aglio, la polvere di peperoncino e il cumino; cuocete e mescolate per 1 minuto per rilasciare i sapori. Incorporate i fagioli neri, i pomodori, i peperoni, la zucchina, il peperoncino jalapeño, il peperoncino chipotle e l'origano. Condite con sale e pepe. Portate ad ebollizione a fuoco alto, poi riducete il fuoco a medio-basso, coprite e fate sobbollire per 20 minuti.