Preriscalda il forno a 175°C. Ungi una teglia da 12 muffin con ghee.

Separa i semi dalle viscere filamentose della zucca. Metti le interiora in un frullatore o robot da cucina; frulla fino a ottenere una purea.

Mescola lo zucchero di canna e il burro in una ciotola fino a che non siano combinati. Aggiungi la purea di zucca e le uova; sbatti fino a che non sia ben amalgamato.

Setaccia 3 tazze di farina, il lievito, la cannella, la noce moscata e il sale in una ciotola. Aggiungi il composto di farina al composto di zucca e mescola fino ad assorbimento. Aggiungi quanta più farina rimanente necessaria per creare una pastella umida ma abbastanza densa da reggere un cucchiaio. Incorpora le gocce di cioccolato.

Dividi la pastella in modo uniforme tra le 12 tazze dei muffin.