Unisci l'acqua tiepida, la farina integrale e il lievito in una piccola ciotola. Lascia riposare fino a quando il lievito non si ammorbidisce e inizia a formare schiuma e bolle, circa 10 minuti.

Mescola la farina di segale, la melassa, il cacao in polvere, l'olio vegetale, i granuli di caffè istantaneo, i semi di cumino e il sale in una ciotola grande. Aggiungi il composto di lievito e la farina per tutti gli usi. Trasferisci l'impasto su una superficie infarinata; impasta fino a ottenere un impasto liscio ed elastico, circa 10 minuti. Ungi una ciotola grande.

Trasferisci l'impasto nella ciotola unta; copri con un panno umido caldo o della pellicola trasparente. Lascia lievitare in un luogo caldo fino al raddoppio delle dimensioni, circa 1 ora.

Preriscalda il forno a 450 gradi F (230 gradi C). Ungi una teglia da forno.

Porta l'acqua ad ebollizione in una pentola capiente. Dividi l'impasto in 13 pezzi; forma delle palline. Premi un buco al centro di ogni pallina di impasto; allarga l'impasto per formare un buco di 1 pollice al centro, mantenendo l'impasto spesso circa 1/2 pollice. Immergi i cerchi di impasto nell'acqua bollente, 3 o 4 alla volta. Fai bollire ogni lato per 45 secondi. Rimuovi con un mestolo forato e scola per circa 1 minuto. Disponi i bagel bolliti sulla teglia preparata.